兇手「放學後的魔術師」的真正身份，就是的場勇一郎。
「密室的儀式」之謎
犯人利用錯覺的技倆誤導所有人，櫻樹琉璃子被吊著的地方並不是「打不開的生物室」而是在另一個房間進行的!用膠帶將大鏡子固定在有輪子的黑板上，再把這斜擺在走廊的交叉點上，而這房間的情景映在鏡中，看起來就像是盡頭的生物教室。這方法需靠助於狹窄的走廊和蠟燭。
其實現在的推理研究會的教室就是「被詛咒的樂器室」，那晚發生地震使得一部分腐朽的牆壁崩塌下來，所以被塗封在裡面的遺體的一部分顯露出來被被害者櫻樹給發現，她留下「之後，戀愛的身有著晦暗的生血的血之名和血吸貝有砂」。這其實必須用文字處理機重新用羅馬拼音解開，用變換鍵就會出現「牆壁中藏著骨骸」
「七不思議」的真相
事件的起因要追溯到學校創立之前，三十年前學校的所在地原是一間叫高畑製藥藥品公司的研究所。在那裡主要是進行新藥品的開發與研究。當時也就是昭和三十年代，是一個藥物會有危險副作用問題的年代。因此在昭和三十年代後期，研究所在開發新藥之時為了進行人體實驗而雇用六個人!當時有的人是因為貧困才會出賣自己的身體，但是實驗失敗接受實驗的六個人全部身亡無一倖存!對於這突來的事件導致研究員們都很驚慌失措，如果這事被外人給發現，那麼藥品公司已經弄出人命的事會大肆曝光。因此研究員們利用當時正在建設中的新研究所也就是現在不動高中的校舍，在這個木造校舍中四周埋藏六具遺體!研究員們到處散播著謠言利用間諜嫌疑被捕的神保博士在藏有遺體的地方都編下怪談，在學校流傳著以防止學生們去接近那些地方。
第七個不思議是女學生青山千裕的失蹤案，她因為知道這學校藏著六具遺體而被的場勇一郎給殺害並藏在校舍中再散布新的怪談。
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